この記事はEvernoteが対応しているMarkdown記法をまとめたものですが、記事作成時点の2017年には使えていたMarkdown記法が今では非対応となっていたりします。
ですので私の環境で検証して現在も対応しているものを改めてまとめました。

この記事でわかること
- 外部ツールを使わずにEvernoteだけで対応しているMarkdown記法
- Evernote Webのベータ版で見出しが対応に!
確認した環境
- Evernote for Windows 6.21.2.8716
- Evernote Web(ブラウザはGoogle Chrome)
Evernoteで現在使えるMarkdown記法
コードブロック
「`」を3つ連続で入力して キーボードの [ Enter ] キーを押すとボックスができるのでその中にコードを入力します。
```

インラインコード
「`(バッククォート)」で文字列を囲います。
`インラインコード`
Windows・Mac共通
[ Shift ] + [ @ ] キー
文章の途中にインラインコードを埋め込むにはコード以外の文を改行して書いてから改行を削除する必要があります。

リスト
「*」と「 (半角スペース)」を入力します。
* リスト
1つめのリストのあとに [ Enter ] キーを押すと、2つ目のリストができます。 [ Tab ] キーを押すとネスト(入れ子)にしてくれます。
「*」の代わりに「-(ハイフン)」と「+(プラス)」でもOK。
番号付きリスト
「1」と「.(ドット)」と「 (半角スペース)」を入力します。
1. 番号付きリスト
こちらもリストと同じようにタブキーで入れ子にできます。
チェックボックス
「[]」と「[x]」でチェックボックスを挿入できます。
[] 空のチェックボックス[x] 選択済みのチェックボックス
「×(バツ)」ではなく半角英数の「x(エックス)」です。
表
「[]」は列の数だけ入力し、「x(エックス)」のあとに行の数を入力してキーボードの [ Enter ] キーを押します。
2列×1行の表を作成
[][]
3列×2行の表を作成
[][][]x2
1列の表は作れないようです。
[]x2
これでは表になりませんでした。
水平線
「*」、「-」、「=(イコール)」のどれかを3つ連続で入力します。
どの記号でも表示される水平線は同じです。
***---===
Evernoteで以前は使えたMarkdown記法
以前はEvernoteで使えることを確認したMarkdown記法ですが、今は使えなくなっているものです。
インラインコード以外はEvernoteの機能でできるので、このまま対応しないのかもしれませんね。
強調(太字)
「*(アスタリスク)」2つで文字列を囲います。
**強調(太字)**
「_(アンダーバー)」2つで囲った「__強調(太字)__
」はEvernoteでは下線付き文字に変換されます。
強調(斜体)
「*」で文字列を囲います。
*強調(斜体)*
「_」で囲った「_強調(斜体)_
」では変換されません。
強調(斜体+太字)
「*(アスタリスク)」3つで文字列を囲います。
***強調(斜体+太字)***
下線
「_(アンダーバー)」2つで文字列を囲います。
__下線__
Markdown記法だと強調(太字)に変換されますがEvernoteだと下線付きの文字になります。
取り消し線(打ち消し線)
「~(チルダ)」2つで文字列を囲います。
~~取り消し線~~
対応していないMarkdown記法
見出し
見出しが未対応なのは残念です。
# h1## h2見出し---
引用
引用も対応してくれたら見やすくなるんですが残念。
> 引用>> 引用
リンク
[Google](http://www.google.co.jp/)
URLをコピペすれば自動的にハイパーリンクになるのでこれはいらないかもですね。
画像

ドラッグ&ドロップで画像を貼り付けたほうが早いのでいらないかも。
数式
対応してません。
Evernote Webのベータ版エディタ
現在Evernote Webのベータ版エディタが公開されています。
Evernote Webにログインして右下に [ ベータ版エディタ ] と表示がある場合はすでにベータ版が使用できます。
この記事でご紹介したEvernoteが対応しているMarkdownに加え、見出しも使えるようになっています。
# 見出し(大)## 見出し(中)### 見出し(小)
EvernoteのCEOがデザインチームと開発中のEvernote Webベータ版の機能について話している動画(日本語の字幕付き)です。
特筆したいのは(中略)スタイルを与えられたセクションに意味を与えることができる点です。
与えられた意味を取得することができると、将来的にはメモの自動アウトライン追加などといったさらに便利な使い方ができるようになると考えています。

Evernoteから別のサービスに乗り換えを検討しているなら、その前に一度Evernote Webのベータ版を試してみてください。
Markdown的には見出しが対応しただけですが、それだけでも随分と使いやすく感じます。
まだ全てのユーザーにベータ版を公開していないようなので、もし使ってみたい場合は下記のURLから申し込みできます。
Evernote ベータ版テストプログラム – Evernote バージョン&製品テスト
まとめ
Markdownに特化したエディタとと比べるとEvernoteは物足りないですが、Markdownエディタにはない機能もあるので、使い方次第かなと思います。